中子自旋回波:研究蛋白质结构域动力学的利器
中子自旋回波:研究蛋白质结构域动力学的利器
cpsjournals
中国物理学会期刊网(www.cpsjournals.cn)是我国最权威的物理学综合信息网站,有物理期刊集群、精品报告视频、热点专题网页、海内外新闻、学术讲座,会议展览培训、人物访谈等栏目,是为物理学习和工作者提供一站式信息服务的公众平台。
| 作者:孙喆炘 1 崔腾飞 1,2 储祥蔷 2,†
(1 中国工程物理研究院研究生院)
(2 香港城市大学物理系)
本文选自《物理》2024年第3期
蛋白质作为生物系统这种复杂分子机器的重要组成部分之一,理解它们内部的结构及其在不同时间及空间尺度上的运动,对于研究生命的运作机理至关重要。相较于其他实验手段,中子自旋回波技术能探测到更大时空范围的性质,在研究蛋白质内部的结构域动力学方面具有独特的优势。这是一门横跨核物理与核技术、非平衡态统计物理学、分子生物学与蛋白质组学等前沿交叉领域的学科,充满着诸多未知与挑战,也遍布着一探生命奥秘的机遇。文章简述了中子自旋回波实验技术的基本原理和发展历程,阐述其在研究蛋白质结构域动力学方面的方法和技术优势,并介绍了部分实验案例,最后对其应用前景进行探讨与展望。
关键词 中子散射,中子自旋回波,蛋白质结构域动力学,核技术及应用
中子自旋回波 [1] (neutron spin echo,NSE)是一种中子散射实验技术 [2] 。它利用极化中子的自旋在磁场中的拉莫尔进动原理对中子的自旋进行操控,可检测到中子能量在散射前后的微小变化(neV至μeV级),该能量变化又对应了时间尺度在ns到μs之间的蛋白质结构域动力学性质,使中子自旋回波技术具备揭示蛋白质内结构域动力学性质的能力。其他中子散射技术,如小角中子散射(small angle neutron scattering,SANS)和中子衍射(neutron diffraction,ND)多应用于研究生物大分子在原子分子层面的结构,准弹性中子散射(quasi-elastic neutron scattering,QENS)、非弹性中子散射(inelastic neutron scattering,INS)可以探测到皮秒级的蛋白质动力学性质 [3,4] ,中子自旋回波在较大范围内填补了蛋白质结构域动力学的可探测时空尺度,与其他散射实验技术互补,有助于进一步揭示蛋白质内部结构域的动力学行为 [5] 。
生命在于运动,蛋白质作为生物系统这种复杂分子机器的重要组成部分之一,理解它的结构和运动对于研究生命的运作机理至关重要 [6] 。蛋白质是一种大分子,常由氨基酸排列组合成长肽链,再经过复杂的折叠乃至组装拼接后成为有各种生物功能的蛋白质复合体。蛋白质的功能运作通常伴随个别原子、基团或亚结构为单位的结构域之间的构型变化,其运动方式和构象变化都对它在生物系统中执行的功能起着决定性的影响。不同尺寸、不同结构、不同功能的蛋白质内部结构在时空尺度上的差异跨度非常大,运动的时间尺度可以从fs到s级,空间尺度覆盖Å到微米级,蛋白质结构域运动刚好处于中子自旋回波技术可以适用的探测范围。目前对蛋白质结构域运动的中子自旋回波实验研究中,还离不开对其静态结构的详细了解(较为常见的有蛋白质晶体学衍射方法、冷冻电镜、核磁共振和原子力显微镜等方法),将中子自旋回波实验结果与其他散射和非散射的实验技术得到的结果相互参照,方可得到完善的蛋白质内部结构域的动力学特征和相应的功能性质。在可以预见的未来,中子自旋回波散射实验会成为研究蛋白质结构域动力学性质最有力的手段之一。
图2 典型的中子自旋回波谱仪设备布局示意图 [14] 。在反应堆中子源上,单色器常为速度选择器;利用一个可以让入射中子的进动角 ϕ 改变π/2或π的磁场,使经过单色和极化的中子束流的平均自旋矢量指向垂直于引导磁场 B 的方向,由此开始使用引导磁场对入射中子自旋的进动角进行编码;这类能让中子的进动角 ϕ 改变π/2或π的小型磁场装置被称为π/2翻转器(flipper)、π翻转器;中子与样品散射后,其能量发生了微弱的改变,利用出射引导磁场 B ′对极化中子的自旋进动角进行解码,可通过分析和探测中子平均自旋的回波强度,得到散射谱即为中间散射函数 I ( Q , t ),与准弹性中子散射谱 S ( Q , ω )互为傅里叶变换的关系
图3 中子自旋回波谱仪设备 (a)中国绵阳研究堆(CMRR)建设调试中的LNRSE谱仪设备;(b)日本iNSE谱仪设备 [35] ,使用了特殊形状的螺线管电磁线圈结构 [36] ;(c)美国国家标准与技术研究院的CHRNS-NSE谱仪 [26]
表1 几类不同技术路线的中子自旋回波谱仪在建设和性能方面的大体异同及其代表装置的特色
图4 一个包含4个域的蛋白质二维结构示意图,以球棍和串珠弹簧模型近似描述其结构域之间的动力学特征。实际的蛋白质分子大多呈现更为复杂的三维结构,但往往仍然可以沿用球棍和串珠弹簧模型在三维空间中近似描述其结构与动力学行为
在具备了前述理论模型可供参考使用的条件下,使用中子自旋回波研究蛋白质结构域动力学变得有理可循。随着理论模型的持续发展和不断完善,再有使用中子作为探测束流时可以凸显或掩盖样品部分信号的氘代 [45,46] 技术加持,已经有一些优秀的成果展示了使用中子自旋回波实验研究蛋白质结构域运动性质的独特优势。
经历了50余年 [16] 的理论发展与技术进步,中子自旋回波谱仪设备在世界各地的中子源 [60—62] 建设落地,还有若干谱仪正在建设中。中子自旋回波技术在各个学科领域的应用都取得了长足进展,尤其是在研究软物质和生命科学方面的优势逐渐为更多人所知。它的探测精度高、时空信息覆盖范围广,相较于使用其他束流的探测实验手段,中子自旋回波技术使用冷中子作为探针,其能量较低、不易破坏生物质样品的分子结构,可以采用氢的同位素替代手段实现探测信号的衬度变换,获取特定位点、特定区域、特定界面的结构、成键、运动等信息,使得中子自旋回波成为研究蛋白质单体、多蛋白复合体、蛋白-DNA复合体以及其他各种生物大分子单体或复合体的内部结构域动力学特性方面的最佳实验手段之一。针对蛋白质结构域这些动力学特性的研究可以辅助科学家理解许多重要生物过程的动态机理,还能对药理的研究提供参考与帮助,促进新型药物的研发和筛选。
然而,尽管中子自旋回波实验原理和方法提出至今已有50余年,全球范围内中子自旋回波谱仪设施总量稀少、实验样品条件苛刻、数据采集时间偏长、数据分析处理较难等客观因素仍旧制约着中子自旋回波的广泛使用,加之其相对较短的发展历史,与X射线散射等其他实验探测手段相比,已发表的中子自旋回波实验研究成果并不算多,利用中子自旋回波实验研究生物质、蛋白质结构域动力学的成果数量更是相对匮乏,模型方法的泛用性和可靠性依旧有待进一步发展 [44] 。将中子自旋回波技术应用于研究蛋白质结构域动力学时,要与其他实验,如小角度、广角度、掠入射的中子散射,还有X射线散射、单分子荧光光谱、拉曼光谱、红外光谱、非弹性X射线散射、非弹性中子散射、核磁共振、DLS等等实验结果相结合 [41] ,方可实现对研究对象的静态结构和动态行为有多角度、多因素的了解,联合多方面实证结果对中子自旋回波实验数据进行分析,解出贴近真实情况的动力学特征。虽然目前中国还没有对用户开放使用的中子自旋回波谱仪,但随着绵阳CMRR的LNRSE谱仪的落成,国内的科研工作者们在不久的将来就可以方便地用上世界一流的中子自旋回波谱仪设备,对包括蛋白质结构域动力学在内的各类适用中子自旋回波研究的前沿课题进行研究。
除了中子自旋回波的理论发展与技术进步,在过去的几十年间,国内外基于并行计算的超级计算机技术也发展迅猛。计算机性能稳步提高、购买的成本逐渐降低,各大高校、科研院所,乃至商业化的服务公司,都纷纷建立起高性能计算平台,为研究生物质、蛋白质动力学的模拟计算提供了过去无法具备的优质环境。MD模拟计算常用的GROMACS [52] 、LAMMPS [63] 等软件,也随着算力的进步一道日渐完善,为实验与计算对同一个体系的协同研究提供了强而有力的支撑。近年来,利用中子自旋回波研究蛋白质结构域动力学性质的优秀成果,均是实验研究与理论计算相辅相成,从而取得对其结构域动力学更深入的理解。
从基础物理的原理出发,统计群体粒子的行为规律,运用多种多样的方法手段,叩响生命科学真相的大门。希望在不远的未来,能有更多的科研工作通过中子自旋回波技术,结合多种其他研究手段,分析出蛋白质的结构域动力学和运动行为,理解蛋白质、DNA、磷脂膜等各类生物质的静态结构、相互作用、运动规律、运作机理,一探生命在于运动的奥义。
[1] Mezei F. Neutron Spin Echo. In : Lecture Notes in Physics , Vol.128. Springer , 1980
[2] 韩晶晶,储祥蔷 . 物理, 2019 , 48(12) : 780
[3] Shrestha U R , Mamontov E , O ’ Neill H M et al . The Innovation , 2022 , 3(1) : 100199
[4] Chu X Q , Gajapathy M , Weiss K L et al . J. Phys. Chem. B , 2012 , 116(33) : 9917
[5] Callaway D J , Bu Z M. Curr. Opin. Struct. Biol. , 2017 , 42 : 1
[6] Schrödinger E. What is Life? The Physical Aspect of the Living Cell. Cambridge University Press , 1944
[7] Keller T , Golub R , Gähler R. In : Pike R, Sabatier P eds. Scatter ing. Academic Press , 2002. pp.1264 — 1286
[8] Jiang C Y. AAPPS Bull. , 2023 , 33(1) : 21
[9] Coulter K P , McDonald A B , Happer W et al . Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spectrometers , Detectors and Associated Equipment , 1988 , 270(1) : 90
[10] Greene G L , Thompson A K , Dewey M S. Nuclear Instruments
and Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spec‐
trometers , Detectors and Associated Equipment , 1995 , 356(2) : 177
[11] Hino M , Oda T , Yamada N L et al . Journal of Nuclear Science and Technology , 2017 , 54(11) : 1223
[12] Schneider M , Schanzer C , Böni P et al . Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spectrometers , Detectors and Associated Equipment , 2020 , 976 : 164272
[13] Maruyama R , Yamazaki D , Akutsu K et al . Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spectrometers , Detectors and Associated Equipment , 2018 , 888 : 70
[14] Luo X , Cui T , Chu X. Front. Phys. , 2023 , 11 : 1279007
[15] Драбкин ГМ , Забидаров Е И , Касман Я А et al . ЖЭТФ , 1969 , 29 : 261(in Russian)
[16] Mezei F. Z. Physik. , 1972 , 255(2) : 146
[17] Golub R , Gähler R. Physics Letters A , 1987 , 123(1) : 43
[18] Nagao M , Yamada N L , Kawabata Y et al . Physica B , 2006 , 385- 386 : 1118
[19] Krautloher M , Kindervater J , Keller T et al . W. Review of Scien tific Instruments , 2016 , 87(12) : 125110
[20] Franz C , Soltwedel O , Fuchs C et al . Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spectrometers , Detectors and Associated Equipment , 2019 , 939 : 22
[21] Farago B. Physica B , 1999 , 267-268 : 270
[22] Schleger P , Alefeld B , Barthelemy J F et al . Physica B , 1997 , 241-243 : 164
[23] Fouquet P , Ehlers G , Farago B et al . Journal of Neutron Re‐ search , 2007 , 15(1) : 39
[24] Zanotti J M , Combet S , Klimko S et al . Neutron News , 2011 , 22 (4) : 24
[25] Monkenbusch M. Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spectrometers , Detectors and Associated Equipment , 2010 , 21(2) : 30
[26] Rosov N , Rathgeber S , Monkenbusch M. In : Scattering from Polymers , Vol 739. ACS Symposium Series. American Chemical Society , 1999. pp.103 — 116
[27] Endo H , Oda T , Hino M et al . Physica B , 2019 , 564 : 91
[28] Kajimoto R , Yokoo T , Nakamura M et al . Physica B , 2019 , 562 : 148
[29] Holderer O , Monkenbusch M , Schätzler R et al . Measurement Science and Technology , 2008 , 19(3) : 034022
[30] Holderer O , Ivanova O. JLSRF , 2015 , 1 : A11
[31] Pasini S , Holderer O , Kozielewski T et al . Rev. Sci. Inst. , 2019 , 90(4) : 043107
[32] Georgii R , Weber T , Brandl G et al . Nuclear Instruments and
Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spectrom eters , Detectors and Associated Equipment , 2018 , 881 : 60
[33] Groitl F , Keller T , Quintero-Castro D L et al . Review of Scien tific Instruments , 2015 , 86(2) : 025110
[34] Pappas C , Triolo A , Mezei F et al . Neutron Spin Echo Spectros copy : Basics , Trends and Applications. In : Mezei F , Pappas C , Gutberlet T eds. Lecture Notes in Physics. Springer , 2003.pp.35 — 47
[35] iNSE ISSP , UTokyo. 中性子 スピンエコー 分光器 . 2023. https: //www. issp. u-tokyo. ac. jp/labs/neutron/inst/NSE/index. html (in Japanese)
[36] Takeda T , Komura S , Seto H et al . Nuclear Instruments and Methods in Physics Research Section A : Accelerators , Spectrometers , Detectors and Associated Equipment , 1995 , 364(1) : 186
[37] Liu B , Wang Z , Wang Y et al . J. Inst. , 2020 , 15(04) : P04007
[38] Biehl R , Monkenbusch M , Richter D. Soft Matter , 2011 , 7(4) : 1299
[39] Bu Z M , Callaway D J E. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology. In : Donev R , ed. Protein Structure and Diseases , Vol 83. Academic Press , 2011. pp.163 — 221
[40] Smolin N , Biehl R , Kneller G R et al . Biophysical Journal , 2012 , 102(5) : 1108
[41] Pan J , Cheng X , Sharp M et al . Soft Matter , 2014 , 11(1) : 130
[42] Liu Y. Phys. Rev. E , 2017 , 95(2) : 020501
[43] Bu Z M , Biehl R , Monkenbusch M et al . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 2005 , 102(49) : 17646
[44] Liu Y. Current Opinion in Colloid & Interface Science , 2019 , 42 : 147
[45] Ankner J F , Heller W T , Herwig K W et al. Curr. Protoc. Protein Sci. , 2013 , 72 : 17.16.1
[46] Hore M J A , Hammouda B , Li Y et al . Macromolecules , 2013 , 46 (19) : 7894
[47] Bellissent-Funel M C , Daniel R , Durand D et al . J. Am. Chem. Soc. , 1998 , 120(29) : 7347
[48] Gall A , Seguin J , Bellissent-Funel M C et al . Nanosecond Protein Dynamics of the RC and LH Complexes as Measured by Coherent Inelastic Neutron Spin-Echo Spectroscopy. In : Garab G ed. Photosynthesis : Mechanisms and Effects : Volume I-V : Proceedings of the XIth International Congress on Photosynthesis. Springer Netherlands , 1998. pp.4373 — 4376
[49] Farago B , Li J , Cornilescu G et al . Biophysical Journal , 2010 , 99 (10) : 3473
[50] Inoue R , Biehl R , Rosenkranz T et al . Biophysical Journal , 2010 , 99(7) : 2309
[51] Callaway D J E , Bu Z M. Methods Enzymol , 2016 , 566 : 253
[52] Abraham M J , Murtola T , Schulz R et al . SoftwareX , 2015 , 1-2 : 19
[53] Hong L , Smolin N , Smith J C. Phys. Rev. Lett. , 2014 , 112(15) : 158102
[54] Hong L , Sharp M A , Poblete S et al . Biophys J. , 2014 , 107(2) : 393
[55] Stingaciu L R , Ivanova O , Ohl M et al . Sci. Rep. , 2016 , 6(1) : 22148
[56] Katava M , Maccarini M , Villain G et al . Sci. Rep. , 2017 , 7(1) : 41092
[57] Hong L , Jain N , Cheng X et al . Sci. Adv. , 2016 , 2(10) : e1600886
[58] Nicholl I D , Matsui T , Weiss T M et al . Biophysical Journal , 2018 , 115(4) : 642
[59] Farago B , Nicholl I D , Wang S et al . Proc. Natl. Acad. Sci. USA , 2021 , 118(13) : e2025012118
[60] Sun G , Zhang C , Chen B et al . Neutron News , 2016 , 27(4) : 21
[61] Carpenter J M. Nat. Rev. Phys. , 2019 , 1(3) : 177
[62] Shukla M , Ray N , Patel T. Major Neutron Source Facilities Across the Globe In : Aswal DK , Sarkar P S , Kashyap Y S eds. Neutron Imaging : Basics , Techniques and Applications. Springer , 2022. pp.97 — 162
[63] Thompson A P , Aktulga H M , Berger R et al . Computer Physics Communications , 2022 , 271 : 108171
(参考文献可 上下滑动 查看)
中子弹是怎么一回事?| 《物理》50年精选文章
晶体缺陷研究的历史回顾 | 《物理》50年精选文章
相变和临界现象(Ⅰ) | 《物理》50年精选文章
相变和临界现象(Ⅱ) | 《物理》50年精选文章
相变和临界现象(Ⅲ) | 《物理》50年精选文章
凝聚态物理的回顾与展望 |《物理》50年精选文章
声学与海洋开发 |《物理》50年精选文章
模型在物理学发展中的作用 |《物理》50年精选文章
我对吴有训、叶企孙、萨本栋先生的点滴回忆 | 《物理》50年精选文章
国立西南联合大学物理系——抗日战争时期中国物理学界的一支奇葩(Ⅰ) | 《物理》50年精选文章
国立西南联合大学物理系——抗日战争时期中国物理学界的一支奇葩(Ⅱ) | 《物理》50年精选文章
原子核裂变的发现:历史与教训——纪念原子核裂变现象发现60周年 | 《物理》50年精选文章
回顾与展望——纪念量子论诞生100周年 | 《物理》50年精选文章
我的研究生涯——黄昆 | 《物理》50年精选文章
中国理论物理学家与生物学家结合的典范——回顾汤佩松和王竹溪先生对植物细胞水分关系研究的历史性贡献(上) |《物理》50年精选文章
中国理论物理学家与生物学家结合的典范——回顾汤佩松和王竹溪先生对植物细胞水分关系研究的历史性贡献(下) |《物理》50年精选文章
为了忘却的怀念——回忆晚年的叶企孙 | 《物理》50年精选文章
从分子生物学的历程看学科交叉——纪念金螺旋论文发表50周年 | 《物理》50年精选文章
美丽是可以表述的——描述花卉形态的数理方程 | 《物理》50年精选文章
爱因斯坦:邮票上的画传 | 《物理》50年精选文章
趣谈球类运动的物理 | 《物理》50年精选文章
转瞬九十载 |《物理》50年精选文章
一本培养了几代物理学家的经典著作 ——评《晶格动力学理论》 |《物理》50年精选文章
朗道百年 |《物理》50年精选文章
以天之语,解物之道 |《物理》50年精选文章
软物质物理——物理学的新学科 |《物理》50年精选文章
宇宙学这80年 |《物理》50年精选文章
熵非商——the Myth of Entropy |《物理》50年精选文章
物理学中的演生现象 |《物理》50年精选文章
普渡琐记——从2010年诺贝尔化学奖谈起 |《物理》50年精选文章
我的学习与研究经历 | 《物理》50年精选文章
天气预报——由经验到物理数学理论和超级计算 | 《物理》50年精选文章
纪念Bohr的《伟大的三部曲》发表100周年暨北京大学物理专业建系100周年 | 《物理》50年精选文章
同步辐射历史及现状 |《物理》50年精选文章
麦克斯韦方程和规范理论的观念起源 |《物理》50年精选文章
空间科学——探索与发现之源 | 《物理》50年精选文章
麦克斯韦方程组的建立及其作用 |《物理》50年精选文章
凝聚态材料中的拓扑相与拓扑相变——2016年诺贝尔物理学奖解读 |《物理》50年精选文章
我所熟悉的几位中国物理学大师 |《物理》50年精选文章
量子力学诠释问题 |《物理》50年精选文章
高温超导研究面临的挑战 |《物理》50年精选文章
非常规超导体及其物性 | 《物理》50年精选文章
真空不空 | 《物理》50年精选文章
通用量子计算机和容错量子计算——概念、现状和展望 | 《物理》50年精选文章
谈书说人之一:《理论物理学教程》是怎样写成的?| 《物理》50年精选文章
奋斗 机遇 物理 |《物理》50年精选文章
关于量子力学的基本原理 |《物理》50年精选文章
时空奇点和黑洞 ——2020年诺贝尔物理学奖解读 |《物理》50年精选文章
凝聚态物理学的新篇章——超越朗道范式的拓扑量子物态 | 《物理》50年精选文章
物理学思维的艺术 | 《物理》50年精选文章
对于麦克斯韦方程组,洛伦兹变换的低速极限是伽利略变换吗?| 《物理》50年精选文章
杨振宁先生的研究品味和风格及其对培育杰出人才的启示 | 《物理》50年精选文章
庞加莱的狭义相对论之一:洛伦兹群的发现 | 《物理》50年精选文章
-
2023年血糖新标准公布,不是3.9-6.1,快来看看你的血糖正常吗? 2023-02-07
-
2023年各省最新电价一览!8省中午执行谷段电价! 2023-01-03
-
GB 55009-2021《燃气工程项目规范》(含条文说明),2022年1月1日起实施 2021-11-07
-
PPT导出高分辨率图片的四种方法 2022-09-22
-
2023年最新!国家电网27家省级电力公司负责人大盘点 2023-03-14
-
全国消防救援总队主官及简历(2023.2) 2023-02-10
-
盘点 l 中国石油大庆油田现任领导班子 2023-02-28
-
我们的前辈!历届全国工程勘察设计大师完整名单! 2022-11-18
-
关于某送变电公司“4·22”人身死亡事故的快报 2022-04-26
