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异军突起!Origin瑟瑟发抖

时间:2022-07-29 来源: 浏览:

异军突起!Origin瑟瑟发抖

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收录于合集

科研软件有牌面!Fiji登《Nature》子刊! Origin都没这么大的牌面。

来源:https://www.nature.com/articles/nmeth.2019

Fiji ( Fiji Is Just ImageJ ) 是一个基于ImageJ2的开源图像处理包。 Fiji 专注于生物图像分析,包含大量实用插件,这些插件可以通过集成更新系统与最终用户共享。Windows、Mac和Linux全平台支持。更重要的是它免免免免费!

官网:https://imagej.net/software/fiji/downloads

01
Fiji安装方法,
免费、免安装
ImageJ无需安装,官网免费提供下载。官网可能下载速度比较慢, 如果需要网盘链接,公众号后台回复 【突起】 免费获取

1.接下来以Windows版为例,演示一下安装方法:首先解压出来
2.双击运行软件
3.接下来会出现软件图标
4.提示是否下载更新(可以跳过)
5.打开后就是软件主界面了。
6.File→Open打开图像,上手还是很简单的。

02

FIJI 进行免疫组化

图片分析

1.找到需要进行分析的图片,直接拖拽进入FIJI

2.在这里,我们首先将图片转为8 bit图片

3.然后将灰度值转换为OD值:Analyze-Calibrate
[为什么要转换成光密度来计算呢?因为如果用灰度来统计,纯白背景的数值为255,DAB着色如果越深,反而数值越小,这个和我们的认知刚好相反。因此,以光密度值来分析的话,背景纯白的值越是接近于0,DAB着色越深,光密度值越大,就是这样的方法更合理]

4.选择Uncalibrated OD,确定,就进行了相应的转换

5.在Set Measurements中设置需要测量的参数

6.选择Area,Integrated density,Area fraction,Limit to threshold这几个参数,确定

7.然后选择Image,Adjust,Threshold,进行面积选中

8.调节上下两个部分,使得需要统计的部分处于红色选中状态

9.然后点击Analyze-Measure进行面积分析

10.然后面积以及面积比就出来了

11.最终图片的平均光密度数值就计算出来了,为IntDen/Area=28109.526/73984=0.38

不过ImageJ主要用来处理图像,比如线宽、粒径、接触角等等。 完整的使用流程是:ImageJ处理后提取数据,再用Origin作图

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