表观遗传研究如何「精准避坑」，后悔没早点知道（有奖答题）
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近日，耶鲁大学樊荣团队在 Science 上发表了论文，将 CUT & Tag 技术与空间组学相结合，检测出细胞类型特异性标记基因，并成功分辨出小鼠胚胎各个器官等空间模式特征， 首次获得了发育和疾病相关的表观遗传调控的空间制图 [1] 。 Spatial-CUT & Tag 作为一项基于 NGS 的 全新空间组学技术 ，能够实现对组织环境中表观遗传机制的全基因组图谱分析。与 ChIP-Seq、pA-MNase 等方法相比，CUT & Tag 具有 简便易行、信噪比高及重复性强 等优点，所需 样本细胞数量少至 60 个，适用于无 ChIP 级别抗体的蛋白研究 。
CUT & Tag 实验的技术优势有哪些？看不懂 ATAC-Seq 数据分析结果怎么办？ATAC-seq 实验总是被细菌等微生物污染怎么办？
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CUT & Tag 实验的技术优势有哪些？
与传统 ChIP-Seq 实验相比，CUT & Tag 实验技术优势具有以下特点： 样品起始量低、无需提供 ChIP 级别抗体、实验操作简便且周期短、背景噪音低、信噪比高及实验重复性好 等特点。
看不懂 ATAC-Seq 数据分析结果怎么办？
对于 ATAC-seq 测序结果的 fastq 文件，经过 fastqc 进行序列质量分析，去除 adapter，mapping，随后 demultiplex，进而去除 duplicates 之后得到 bam 文件。ATAC-seq 测序结果能够检测全基因组范围内染色质开放程度，筛选目的蛋白。其中，数据分析中插入片段的大小一般呈现为周期性的小峰凸起。
ATAC-seq 实验总是被细菌等微生物污染怎么办？
提高实验操作技能，养成良好的实验习惯，必要时可以对实验环境进行抑菌消杀工作。
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内容策划：王丹琦 内容审核：吴军
题图来源：图虫创意
参考文献：
[1]. Deng Y, Bartosovic M, Kukanja P, Zhang D, Liu Y, Su G, Enninful A, Bai Z, Castelo-Branco G, Fan R. Spatial-CUT&Tag: Spatially resolved chromatin modification profiling at the cellular level. Science. 2022 Feb 11;375(6581):681-686. doi: 10.1126/science.abg7216. Epub 2022 Feb 10. PMID: 35143307; PMCID: PMC7612972.