《植物代谢组学——方法与应用》（第二版）于2023年5月出版面市！

《植物代谢组学——方法与应用》是“十一五”国家重点图书。版权输出至Springer，并获得国务院“中国图书对外推广计划”资助。

2011年，由国内一线从事植物代谢研究的科研人员编著的《植物代谢组学——方法与应用》首次出版，反映了我国植物代谢组学研究的萌发和快速发展，该书分为代谢组学分析技术的基本原理、方法及进展，代谢组学数据处理、代谢物定性、数据库和代谢网络，代谢组学应用实例三个部分，建立了植物代谢组学的基本知识框架，体现了当时国内植物代谢组学的研究水平。

该书出版后，得到了读者较好的反馈，成为众多科研人员手头的参考用书，特别在植物学和中药学等学科领域广为传播，该书也作为部分学校本科生和研究生的教材使用。

首版后的十二年以来，植物代谢组学研究得到了全方位的发展，在一些关键的领域也取得了较好的成果。应广大读者需求对本书进行了修订，《植物代谢组学——方法与应用》第二版充分吸收了十二年来植物代谢组学取得的新进展，为读者提供与时俱进的实操内容。

小分子代谢产物作为植物自身的组成成分，一方面，它们重要的生物学功能逐渐得以解析，如葫芦科葫芦素三萜参与抗虫和人工驯化，水稻花粉壁间隙三萜对水稻花粉的萌发和育性有重要的作用等；另一方面，为了充分利用药用植物中的功效成分，天然产物生物合成途径得到广泛的解析。特别是合成生物学的兴起，利用代谢工程技术对青蒿素、人参皂苷、丹参酮、檀香醇等高价值天然产物进行了微生物制造，实现“不种而获”的目的，减轻对药用植物资源的依赖；得益于基因组测序成本的降低，更多植物基因组信息被公布，通过生物信息学手段挖掘更多的代谢基因簇，分析不同物种代谢途径基因的进化关系；借助酶晶体结构（酶三维结构预测）、量子计算、理论化学和酶工程（活性口袋工程）技术对酶催化机制的解析，加深了对自然界次生代谢产物结构多样性和科属分布特异性的认识。

植物代谢组学已经广泛应用于上述多领域研究，展现出蓬勃的发展潜力，也展现出我国科学技术的进步以及我国学者对国际学术界的贡献。植物代谢组学是生物学和化学的交叉融合，代谢组学分析技术近年来也取得了长足的进步。

脂质是细胞中不可或缺的组成成分，在生物体各生命过程中发挥重要的作用。脂质代谢组学是植物代谢组学发展的又一个方向和类别，形成了自己独特的分析方法和定性方法，因此《植物代谢组学——方法与应用》第二版新增加了“脂质代谢组学”一章；组学分析技术一直在发展，高端分析仪器的推出，如离子淌度质谱、成像质谱、全二维色谱等，多平台组学技术、多组学技术的开发，进一步拓展了代谢组学检测能力；另外，代谢组学分析技术朝着更精准的方向发展， 如拟靶向代谢组学技术、广泛靶向代谢组学技术等分析策略的运用，在原有仪器精度条件下，极大提高了代谢组学测量的准确度，降低了代谢组学假阳性率；代谢物定性分析是将化学信号转变为生物学信息的“卡脖子”技术。

要从微量分析样本中，高通量地推断未知化合物的结构，无论是过去还是将来一段时间内，都是化学家和生物学家面临的巨大挑战。从同位素标记技术、更加全面的标准物质质谱数据库、综合性数据库等方面入手，有助于提高未知代谢物结构注释的能力。此外，基于代谢反应网络和二级质谱信息，通过自动化的递归运算，开发了大规模的代谢物结构鉴定算法，如MetDNA，极大提高了对未知代谢物的定性分析；代谢组学海量原始数据的分析和处理，严重依赖化学计量学和计算机科学的介入，针对复杂的GC-MS代谢组学数据，也开发了相应分析软件和算法；代谢组学结合其他组学， 如全基因组遗传多态性，以代谢物作为表型，进行全基因组关联分析mGWAS，为快速定位代谢物生物合成与调控直接相关的基因提供了帮助。

总体来讲，经过十多年的发展，代谢组学分析技术在各个层面得以深入发展，从简单的化学分析步入更加全面、精准和智能化的分析时代。 

结合上述发展和实践教学过程中的经验，本书第二版仍然保持了第一版的总体框架，并对部分章节进行了调整。新增加了脂质代谢组学、代谢组数据的深度挖掘及应用以及代谢组学方法在中药研究中的应用章节；同时，增加了附录“基于质谱的代谢组学：注释、定量和最佳报告实践指南”，提倡代谢组学研究报告的标准化；第二版对第一版有关数据分析的两个章节进行了合并处理，对其他章节中所涉及的新技术和新进展进行了更新。

本书第二版编写人员新增加了中山大学、中国科学院分子植物科学卓越创新中心、中国科学院植物研究所、中国中医科学院中药资源中心的多位科研人员。希望第二版能一如既往带给读者新的收获和有益的帮助，助推我国植物代谢组学迈向更高质量的发展。