何川团队Nat Methods，NBT及Mol Cell三连发

iNature

虽然DNA  N ⁶ -甲基脱氧腺苷(6mA)在细菌和原生生物中含量丰富，但其在哺乳动物基因组中的存在和功能尚不清楚。

2024年1月11日，芝加哥大学何川团队在 Molecular Cell  在线发表题为“ Sequencing of  N ⁶ -methyl-deoxyadenosine at single-base resolution across the mammalian genome ”的研究论文， 该研究提出了一种不依赖抗体直接读取6mA测序(DR-6mA-seq)的方法，以碱基分辨率测量6mA。 DR-6mA-seq采用一种独特的基于突变的策略来揭示6mA位点作为错误结合的特征，而不需要任何化学或酶对6mA进行调节。

通过在大肠杆菌DNA中成功定位表征良好的G(6mA)TC基序来验证DR-6mA-seq。正如预期的那样，当将DR-6mA-seq应用于哺乳动物系统时，发现基因组DNA (gDNA) 6mA丰度在大多数哺乳动物组织和细胞中普遍较低；然而，研究人员确实在小鼠睾丸和胶质母细胞瘤细胞中观察到不同的gDNA 6mA位点。 总之， DR-6mA-seq提供了一种以单碱基分辨率检测6mA的工具，可以全面了解真核生物中的DNA 6mA。

另外， 2024年1月10日，芝加哥大学何川团队在 Nature Methods  在线发表题为“ Profiling of RNA-binding protein binding sites by in situ reverse transcription-based sequencing ”的研究论文， 该研究提出了一种基于逆转录的RBP结合位点测序(ARTR-seq)的检测方法，该方法依赖于抗体引导下RBP结合RNA的原位逆转录来识别RBP结合位点。 ARTR-seq避免了紫外线交联和免疫沉淀，允许从少至20个细胞或组织切片中高效和特异性地鉴定RBP结合位点。 利用快速甲醛固定的优势，ARTR-seq能够在短时间内捕获RBP的动态RNA结合，正如在短至10分钟的时间范围内对应力颗粒组装过程中G3BP1的动态RNA结合的分析所证明的那样（ 点击阅读 ）。

2024年1月2日，芝加哥大学何川及 戴庆 共同通讯在 Nature Biotechnology 在线发表题为“ Ultrafast bisulfite sequencing detection of  5-methylcytosine in DNA and RNA ”的研究论文， 该研究提出了超快BS-seq (UBS-seq)，它使用高浓度亚硫酸氢盐试剂和高反应温度将亚硫酸氢盐反应加速约13倍，从而减少DNA损伤和降低背景噪声。 UBS-seq允许从少量纯化的基因组DNA构建文库，例如来自无细胞DNA或直接来自1至100个小鼠胚胎干细胞，与传统的BS-seq相比，对5mC水平的高估较少，基因组覆盖率更高。 此外，UBS-seq从低输入的mRNA定量绘制RNA 5-甲基胞嘧啶(m ⁵ C)，并允许在高度结构化的RNA序列中检测m ⁵ C化学计量学。 UBS-seq结果确定了NSUN2是主要的“书写”蛋白，负责HeLa mRNA中约90%的m ⁵ C位点的沉积，并揭示了哺乳动物mRNA 5 ’ -区域中富集的m ⁵ C位点，这可能在mRNA翻译调节中具有功能作用（ 点击阅读 ）。