一组视频即可轻松学会PCA、Bray-Curtis PCoA和 Bray-Curtis NMDS分析
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Microeco2016
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分析流程只需准备好 丰度表 和 分组信息表 两个输入文件,便可完成主成分分析 ( PCA) 、主坐标分析 (PCoA) 和无度量多维标定法 (NMDS) 的制作,更高效的挖掘基因的信息!
结果展示
PCA分析
PCoA分析
NMDS分析
接下来我们一起来看看我们的 视频 讲解吧!
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微科盟 生科云平台—— PCA 的实操讲解
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微科盟 生科云平台—— PCoA 的实操讲解
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微科盟 生科云平台—— NMDS 的实操讲解
操作方法也可以看我们下面的 说明 哦~
一、导入丰度表
制表符分隔的文本文件表格;第一行应包含 样本名 ,唯一 (不可重复),与分组信息表第一列 相对应 (顺序可以不一样);第一列为 组学feature名 (如微生物,代谢物,基因,表型名),唯一 (不可重复),推荐使用 绝对丰度表 ,reads数表等, 总体数值过小 (小于1)可能导致 无法出图 ,示例表格以功能丰度表为例:
二、导入分组信息表
制表符分隔的文本文件表格;行名为 样本名 ,列名为 分组方案 。分组信息表中的行名 (第一列) 必须和丰度表的列名 相对应 ,示例文件如下:
注: 1.输入文件不应该包含 特殊字符 ,推荐使用字母数字下划线和点编辑表格;2. 输入文件行名 (第一列),和列名 (第一行) 不能有 重复 的值;3. 表格中有 缺失值 的地方可以空着,但行名 (第一列) 和列名 (第一行) 以及最后一列不能有 缺失值 (不能空着),否则 无法 通过客户端检查。
三、选定分组方案
可选择分组信息表中的 某一 的分组方案,示例如下:
四、选定分组对应的颜色
可选择 默认值 ,也可以按照 个人需要 进行调整 颜色 及 明亮 程度,示例如下:
分组对应颜色:
五、是否标注样本名、是否画置信椭圆、3D图中是否画垂直虚线以及字体大小
可根据 个人需求 以及 图片美观度 进行选择,对于样本点 较少 的情况可选择 标注样本名 。
六、提交任务
点击 提交任务 ,可选择任务完成时发邮件提醒,可避免等待运行时间,运行结束后可预览结果图,并下载结果文件。
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