视频讲解教你轻松搞定LEfSe分析

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   如何用LEfSe工具作图，你清楚吗？ 

差异基因筛选方法那么多，Lefse有何不同？

让我们一起来揭秘吧！

    LEfSe分析 是一种用于发现和解释 高维度数据生物标志物 的分析工具，它可以实现 多个分组之间 的 差异物种 、 基因 或 通路 的分析，是 非参数检验 和 线性判别分析 的结合，适合菌群/功能丰度 差异检验 ，进而寻找每一个分组的 特征微生物 ，广泛用于 宏基因组 和 扩增子 数据分析。该分析流程只需准备好一个LEfSe输入文件便可完成LEfSe分析图的制作！

    Lefse分析如此有用，不妨听听我们的视频学起来吧。

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  操作方法也可以看我们下面的说明哦~

一、导入LEfSe输入文件

   制表符分隔的文本文件表格；第一行为 样本名 ，唯一 (不可重复)；第二行为 样本所属分组 ；第一列为组学feature名 (如微生物，代谢物，基因，表型名)，唯一 (不可重复)；微生物名中不同分类水平用“ | ”隔开。 示例表格 如下：

二、选定分组对应的颜色

  可选择 默认值 ，也可以按照 个人需要 进行调整 颜色 及 明亮 程度，示例如下：

  分组对应颜色：

三、LDA阈值的选择

    LDA阈值一般介于2-4， 越大越严格 。

四、输出文件格式的选择

  可选择.png，.pdf和.svg三种格式中的 任意一种 ，建议.svg和.pdf格式，便于后续修图操作。

五、提交任务

  点击 提交任务 ，可选择任务完成时发邮件提醒，可避免等待运行时间，运行结束后可预览结果图，并下载结果文件。

  结果展示

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