TCGA数据分析实战:免疫细胞浸润分析
时间:2021-10-18
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肿瘤具有很强的异质性,同一肿瘤在不同个体之间具有不同的免疫活性,而具有相似免疫活性状况的样本则可能处于相同的免疫微环境。肿瘤样本的转录组表达水平在一定程度反映了样本的免疫活性状况。 本次让你4步了解TCGA免疫细胞浸润分析
01、
数据准备
02、
CIBERSORT
结果可视
相关性热图,没有给出具体的样本信息,只对所有的免疫细胞之间的相关性进行了计算。
小提琴图则是对肿瘤和正常样本中各个免疫细胞的表达情况进行分析,同时绘制了小提琴图,并给出了没中免疫细胞在正常样本和肿瘤样本中的差异p值。 样本类型的颜色图示可以在脚本中进行修改。
临床相关性分析
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